从“宗教改革”到十七十八世纪的发展
重洗派
在十六世纪宗教改革运动中，在“抗议宗”之外另有一派人士，认为“宗教改革”改得不够彻底，必须彻底废除所有传统，按照新约教训重建教会。他们主张彻底的“政教分离”，严格执行会员纪律。由于他们反对儿童洗礼，认为童年时代所受的洗礼无效，信徒必须重新受洗，因此被称为“重洗派 Anabaptists”。由于此派认为唯有他们是真教会，其中的狂热份子从事武力革命，所以天主教与抗议宗都视为异端而不容其存在。自1535年重洗派的暴力革命被消灭后，崇尚和平的门诺 Menno Simons （约1469-1561）在荷兰等地成为此派的主要领袖，在其领导下，奠定了“门诺会 Mennonites”日后的发展。1693年艾门 Jakob Ammann 创立了门诺会一极端保守的支派，流传至今，即“艾门派 Amish”。另外，在十六世纪由胡特 Jacob Hutter 在莫拉维亚所领导的重洗派团体，也辗转流传至今，被称为“胡特派 Hutterites”，与艾门派人一样，与现世隔绝。
天主教反改教运动
天主教中的有识之士，为回应宗教改革所带来的挑战，就发起一连串的反改教运动，改革弊端谋求恢复失土，其中以罗耀拉 Ignatius Loyola 于1540年设立“耶稣会 Jesuits”以服务救济、学术训练、宣教差传为宗旨，力图中兴天主教。此外，为了对付改教人士，天主教在1542年恢复“异端裁判所”并冠以“罗马”之名，称为“罗马异端裁判所”，由罗马教廷直接控制，使用恐怖手段，刑求逼供，定罪处死异议份子，以此来遏阻基督教在各地的发展。在巩固天主教领导中心方面，教皇保禄三世召开“天特会议 Council of Trent”（1545-1563），无意在教义上作任何让步，重点在改进教会纪律与组织结构，加强神职人员的训练以提高水平。此会议的结果是罗马教皇派大胜，主张与抗议宗沟通的“主和派”失势，不附和教皇的法国与西班牙主教们也败阵而归。天主教势力重新整合之后，以武力收复了德国南部与波兰等地的失土。在天主教势力范围内的抗议宗人士，许多人避难移居瑞士、德国、英国、荷兰等地，其他则转入地下发展。
三十年战争
虽然1555年签订的“奥斯堡和约”带来暂时的和平，由于天主教的军事威胁日增，抗议宗也必须备战相抗，终于最后大战于1618年爆发。起因于在波西米亚（即今日的捷克）反抗议宗的暴动兴起，抗议宗的诸侯不服天主教的皇帝偏袒，宣告反抗，导致天主教大军的镇压，从此引发了德国与中欧全境的战斗。后来，丹麦、瑞典、法国都卷入了战争，断断续续共打了三十年，最后于1648年签订“西发里亚和约 Peace of Westphalia”结束了此毁灭性的战争。和约内容与“奥斯堡和约”相似，各诸侯决定自己境内的宗教信仰。“三十年战争”将德国与中欧变成焦土，人民死伤千万，单单德国的人口就减至原来的三分之一。如此大的流血牺牲，所带来的结果只是兜个大圈，回到战前的宗教分布局势。此后，天主教与基督教的版图底定直到今日。就教会历史的分期而言，自“三十年战争”后至今，称为“现代教会史”。
荷兰与法国的局势
加尔文改革宗的信仰在荷兰的发展，到了十七世纪初遭到亚米纽斯派 Arminianism 的挑战。他们否认神的预定拣选，主张罪人未完全堕落，罪人有自由意志，基督徒有可能失落救恩等教训，上书荷兰政府，呈“抗议文”要求公开辩论。于是荷兰政府于1618-1619年召开“多特会议”，邀请各国改革宗人士参加会议，以裁定此争端。会中一致通过认定亚米纽斯派的教训不合圣经，并制订“多特信条”说明改革宗的真义。虽然亚米纽斯派的信仰在荷兰遭谴责，却在荷兰境外造成不小的影响。
“南特谕令”给予法国境内宗教上的宽容，但是好景不常，当亨利四世遇刺身亡后，胡格诺派又处于困境，每况愈下。法王路易十四于1685年撤销“南特谕令”后，改革宗信仰又被视为非法。许多胡格诺派人士宁可离乡背井移民他国，也不愿放弃信仰，法国平白损失了五分之一的菁英。留下的胡格诺派人士，历经逼迫苦难，坚忍不拔，改革宗教会在法国存留至今。
英国的清教徒运动
在英国自1550至1700年间的“清教徒 Puritans 运动”，乃是起源于加尔文宗信仰的人士，认为英王的改教不够彻底，英国教会仍余留一些天主教的错误，坚持按照圣经来推行彻底改革，清净教会，所以他们被称为“清教徒”。到了英王查理一世时，国王与清教徒掌权的国会发生冲突，爆发内战。国会于1643-1648年召开西敏大会，制订信条、要理问答、崇拜指南等，以改革英国教会。1649年，克伦威尔领导的国会，将查理一世公审定罪死刑。此后，克伦威尔以“护国君”即位，以清教徒理念治国。但他死后，1660年查理二世复辟为王，英国国教派再度得势，掌控国会。此后，清教徒屡遭逼迫，许多被捕下狱，导致大批移民美洲，在新大陆继续未竟之工。虽然清教徒要改革教会的雄心，在政治上并未成功，但是他们留下许多圣经注释，灵修指南，教牧典范与神学著作，影响英美各宗派的教会至为深远，直到今日。
不从国教者
自改教以来，英国的国教是安立甘的信仰，凡是不遵照国教的规定与崇拜方式者，被称为“不从国教者 Non-conformists”。因此，清教徒是不从国教者，其中有一派人士主张每个教会堂会直属于主耶稣基督，不受君王或主教管辖，都是独立自主的，不受其他堂会的干涉，他们被称为“独立派 Independentists”或“堂会主义派 Congregationalists”（在中国按音译为“公理会”）。1658年公理宗的领袖们开会制订“撒沃宣言 Savoy Declaration”，奠定了公理会日后发展的基础。
在脱离国教者中，有司米特 John Smyth 于1609年带领会友避难于荷兰，采纳“成年信徒受浸”的作法，并加入当地的门诺会。1612年由郝伟士 Thomas Helwys 带领一小群会友回到英国建立了第一所“浸礼宗 Baptists”的教会，采亚米纽斯派的信仰。1633年第一间加尔文宗的浸礼会在伦敦成立。这两派的教会都发展迅速。1639年在美洲新大陆的罗德岛，在威廉斯 Roger Williams 的领导下建立了第一所浸信会，开始了“浸信会”在美国的发展。
福克斯 George Fox (1624-1691) 在英国发起一新运动。他于1646年以“内在之光”胜过长期的挣扎，认为崇拜秩序、圣礼、教会事奉都无关紧要。1647年开始教导人单追求内在直接感受，组成友伴，彼此分享，吸引群众，到1655年时已散布英伦三岛，称为“公谊会 Society of Friends ”被人戏称为“战栗者Quakers”（在中国照音译为“贵格会”）。1682年宾威廉 William Penn 在美洲殖民地按“贵格会”的理念建立了宾西法尼亚州，带来日后的发展。
德国的敬虔运动及其影响
德国路德宗在十七世纪的教义发展，日益形成严守的传统，以致“敬虔运动 Pietism”兴起，强调生活的敬虔胜于传统的固守。发起领袖是施本尔 Philip Spener (1635-1705) ，受英国清教徒著作影响颇深，呼吁信徒个人追求灵命复兴，在教会中寻找志同道合之人组成团契，互相守望。他出版书籍，推广敬虔运动。富朗开 August Francke (1663-1727) 是施本尔的同道，任教于海莱 Halle 大学，使之成为传播敬虔运动的中心。他接续领导敬虔运动的发展，开办孤儿院与儿童教育，推动海外宣教。
亲岑多夫 Zinzendorf (1700-1760) 出身撒克森的贵族家庭，他的教父是施本尔，小时入富朗开在海莱的小学，受敬虔派的熏陶，也喜爱路德宗的教义。他先接待来自莫拉维亚（邻近波西米亚）的弟兄们居住其属地，并于1727年领导他们重组“莫拉维亚弟兄会 Moravian Brethren”，信守路德宗信条，强调内在灵修感受。非常注重宣教，差派许多宣教士赴海外宣道，是基督教教会中宣教的先驱。
英国的循道运动
正如敬虔运动是在路德宗里产生，“循道运动 Methodism”是英国国教里的灵命复兴运动。约翰卫斯理 John Wesley (1703-1791)，其弟查理 Charles (1705-1788)，与怀特菲 George Whitefield (1714-1770) 等人在1730年间于牛津大学组“圣洁会社”，要依循圣经的方法来灵修与服事，因此被称为“循道派 Methodists”。约翰卫斯理受莫拉维亚弟兄会的宣教士影响极大，也前往德国会见亲岑多夫，但事工方法不同，所以他开展“循道主义”的新路。他骑马走遍英国，在各地野外布道，组成会社，训练信徒领袖。虽不为国教安立甘教会所接纳，但是他并不想脱离安立甘教会。然而，在他离世后，1795年起循道会正式脱离安立甘教会。后来藉移民在美洲的发展，奠定了今日“循道宗”教会（卫理公会、美以美会、循理会、循道会、行道会、圣洁会、圣教会、拿撒勒人会等）的基础。
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